Píše se rok 2029, kvůli neustále narůstajícím problémům s hackery byl zřízen zvláštní útvar Sekce 9. Hlavním cílem jejich aktivit je aktuálně hacker známý jako "Pán loutek", nabourávající se do kybernetických mozků významných osobností i obyčejných lidí. Agent Batou a jeho partnerka Motoko Kusanagi, která disponuje stoprocentně kybernetickým tělem, se pouštějí do napínavého lovu, na jehož konci již nic nebude tak jednoznačné jako dříve.
