Pátá válka o svatý grál pokračuje a následný chaos přináší všem účastníkům vyšší sázky. Shirou Emiya se nadále účastní války a usiluje o to, aby se stal hrdinou spravedlnosti, který všechny zachrání. Vydává se hledat pravdu o tajemném temném stínu a jeho vražedném řádění a je odhodlán ho porazit. Mezitím Šindži Matou uvede do pohybu své vlastní plány a prostřednictvím své sestry Sakury Matou ohrožuje Široua. Širou a Rin Tohsakaová bojují proti Šindžimu v naději, že Sakuru zbaví týrání ze strany jejího bratra. Na povrch však začne vyplouvat ošklivá pravda o sourozencích Matouových a odhalí se mnohá temná tajemství.
